Volvía hacia Buenos Aires desde el norte, a donde había viajado con la misión pacificadora de impedir la guerra civil que se cernía amenazante entre los gobernadores de Tucumán y Salta, cuando fue interceptado y ultimado,  junto a casi toda la comitiva, en un paraje cordobés.

“¿Muere acaso el pampero, se mueren las espadas?”

En 1834, Facundo Quiroga marcha al norte en misión pacificadora, con la esperanza de que el poder y prestigio de que gozaba en el norte le permitirían impedir la guerra civil que se cernía amenazante entre los gobernadores de Tucumán (Felipe Heredia) y Salta (Pablo Latorre).

Cumplida su misión y de regreso a Buenos Aires, pese a las advertencias recibidas en el trayecto, es interceptado por una partida al mando de Santo Perez, el 16 de febrero de 1835 en el paraje cordobés conocido como Barranca Yaco, donde es ultimado junto a casi toda la comitiva.

Desde un principio se atribuyó crimen a una conspiración de los hermanos Reinafé, que en principio trataron de desviar las sospechas, intrigando contra Felpe Ibarra, Rosas y hasta Estanislao López, quien hasta entonces era su protector.

Rosas desde buenos Aires desenreda la intriga y pide la captura de los sospechosos. Las provincias delegan en Rosas la responsabilidad de juzgar a los involucrados.

El coronel Francisco Reinafé escapó a la Banda Oriental, y los demás hermanos, junto a Santos Perez y otros participantes, fueron apresados y conducidos a Buenos Aires, donde se los somete a jucio y condena a muerte.