El obispo, ajeno a los partidos políticos hasta entonces, derrotó al Partido Colorado, que perdió el control del gobierno luego de 61 años. Ganó en una guerra sucia derrotando a poderosas mafias, a propuestas neofascistas y a la misma iglesia que desaconsejaba su candidatura.

El 20 de abril del 2008, Fernando Lugo Méndez triunfó cómodamente en las elecciones presidenciales, derrotó así al Partido Colorado que perdió el control del gobierno luego de 61 años. Pero sobre todo ganó en una guerra sucia derrotando a poderosas mafias, a propuestas neofascistas y a la misma iglesia que desaconsejaba su candidatura. Se trataba de un outsider, completamente ajeno a los partidos políticos, obispo de la diócesis con mayor densidad organizativa de los campesinos.